Francisco Miguel Martínez Pérez comença la seua carrera laboral com a llicenciat en informàtica, pendent de projecte, en INISEL (actualment INDRA) al juny de 1991, després de 6 mesos de beca de la Fundació Universitat Empresa en Construccions Aeronàutiques SA. Després de la presentació del projecte de finalització de carrera "Avaluació de Diferents Representacions Paramètriques Espectrals de Característiques Dinàmiques i la seua Aplicació al Reconeixement del Parla" obté el seu títol en Universitat Politècnica de València en 1992, i dedica els següents quatre anys a treballar en diferents empreses (Macro Informàtica, Atri Logistic i Actea Integradors) dedicades a la gestió i l'automatització de sectors industrials de les províncies d'Alacant i València. A partir d'octubre de 1996, com a autònom, o a través d'empreses de servei, participa en el desenvolupament d'aplicacions de gestió per a Aigües Municipalizadas d'Alacant i altres empreses i gestores del grup AGBAR (Comagua, Acuagest, etc.). Des de juny de 1998 fins a l'actualitat és tècnic en informàtica en el Departament de Ciència de la Computació i Intel·ligència Artificial de la Universitat d'Alacant, obtenint la plaça de funcionari de carrera mitjançant oposició al novembre de 2002.
Des d'octubre de 1995 compatibilitza la seua carrera laboral amb la docència com a Professor Associat en la Universitat d'Alacant en el mateix Departament de Ciència de la Computació i Intel·ligència Artificial, i durant un període de nou anys en el Departament de Fonaments de l'Anàlisi Econòmica. Des de llavors ha col·laborat amb diferents grups de recerca d'aquesta universitat. Especialista en programació orientada a objectes, ofimàtica i gestió de l'empresa, i criptografia i seguretat, ha centrat la seua activitat investigadora en aquesta última àrea, obtenint el Doctorat en Enginyeria Informàtica i Computació per la Universitat d'Alacant al gener de 2016. En l'actualitat és membre també de l'Institut Universitari de Recerca Informàtica.