Francisco Miguel Martínez Pérez comienza su carrera laboral como licenciado en informática, pendiente de proyecto, en INISEL (actualmente INDRA) en junio de 1991, después de 6 meses de beca de la Fundación Universidad Empresa en Construcciones Aeronáuticas SA. Tras la presentación del proyecto de fin de carrera "Evaluación de Diferentes Representaciones Paramétricas Espectrales de Características Dinámicas y su Aplicación al Reconocimiento del Habla" obtiene su título en Universidad Politécnica de Valencia en 1992, y dedica los siguientes cuatro años a trabajar en distintas empresas (Macro Informática, Atrio Logistic y Actea Integradores) dedicadas a la gestión y la automatización de sectores industriales de las provincias de Alicante y Valencia. A partir de octubre de 1996, como autónomo, o a través de empresas de servicio, participa en el desarrollo de aplicaciones de gestión para Aguas Municipalizadas de Alicante y otras empresas y gestoras del grupo AGBAR (Comagua, Acuagest, etc.). Desde junio de 1998 hasta la actualidad es técnico en informática en el Departamento de Ciencia de la Computación e Inteligencia Artificial de la Universidad de Alicante, obteniendo la plaza de funcionario de carrera mediante oposición en noviembre de 2002.
Desde octubre de 1995 compatibiliza su carrera laboral con la docencia como Profesor Asociado en la Universidad de Alicante en el mismo Departamento de Ciencia de la Computación e Inteligencia Artificial, y durante un periodo de nueve años en el Departamento de Fundamentos del Análisis Económico. Desde entonces ha colaborado con distintos grupos de investigación de esta universidad. Especialista en programación orientada a objetos, ofimática y gestión de la empresa, y criptografía y seguridad, ha centrado su actividad investigadora en esta última área, obteniendo el Doctorado en Ingeniería Informática y Computación por la Universidad de Alicante en enero de 2016. En la actualidad es miembro también del Instituto Universitario de Investigación Informática.